В начале 1992 года, уже в новой суверенной России, «Газпром» столкнулся с серьезнейшей угрозой: реформаторское правительство Бурбулиса — Гайдара вознамерилось реорганизовать газовую отрасль по подобию нефтяной — то есть, по принципу вертикальной интеграции. Это предполагало, помимо создания независимых газодобывающих и газоперерабатывающих предприятий, изъятие у «Газпрома» магистральной газовой трубы.
С точки зрения газовых начальников, это было «покушением на основы», почти кощунством. «Газпром» на полную катушку включил немалый административный ресурс, и олицетворявший вышеупомянутое кощунство министр топлива и энергетики России Владимир Лопухин был снят с работы (причем, через голову его непосредственного начальника — первого вице-премьера Егора Гайдара), а вице-премьером по ТЭКу был назначен глава «Газпрома» Виктор Черномырдин, оставивший на газовом хозяйстве своего заместителя Рема Вяхирева.
Через день после прихода Черномырдина в российское правительство президент страны Борис Ельцин подписал два указа, зафиксировавших статус «Газпрома» как «естественной монополии» и передававших концерну наиболее перспективную ресурсную базу на суше и на море. Спустя полгода началась приватизация «Газпрома» по следующей схеме: 40% оставалось в собственности государства, 28,7% продавалось за ваучеры, 15% выделялось руководителям концерна, 10% предназначалось для продажи основным зарубежным партнерам (в основном, немецким Ruhrgas и Wintershall), 5% передавалось в собственность главного газодобывающего региона России — Ямало-Ненецкого автономного округа, 1% — в объединение «Росгазификация».
14 декабря 1992 года после сложной «многоходовочки» президента на съезде народных депутатов РСФСР Черномырдин стал главой российского правительства, а «Газпром» — окончательно и бесповоротно «священной коровой». В частности, Виктор Степанович, действуя по принципу «Что хорошо для «Газпрома», то хорошо и для России», создал для монополии максимально благоприятные условия — существенно повысил внутренние цены на газ и освободил компанию от уплаты экспортных и частично импортных пошлин, а также от обязательной продажи части валютной выручки. Реформаторам оставалось только разводить руками. Экс-министр экономики РФ Евгений Ясин по этому поводу сказал так: «Создать конкурирующие с «Газпромом» компании было объективно тяжело, а уж с Виктором Степановичем во главе правительства — и вовсе нереально».
Тем не менее, как минимум одна независимая компания была создана — «Итера»: она появилась на рынке в 1994 году и почти сразу же получила эксклюзивные права на поставку туркменского газа в Украину, Белоруссию, Молдавию, Грузию, Армению и страны Балтии (естественно, по магистральным сетям «Газпрома»). Дальше — больше: с благоволения «Газпрома» «Итера» приобрела половину акций операционных компаний, разрабатывавших крупные газовые месторождения в Западной Сибири — Губкинское и Береговое (совокупные извлекаемые запасы — более 700 млрд кубометров газа), а также получила право на газификацию Свердловской области, одного из крупнейших потребителей газа в России. Отметим, что после смены в 2001 году управленческой команды «Газпрома» бизнес «Итеры» стал сжиматься как шагреневая кожа.
Но вернемся в середину 90-х. В 1995 году «Газпром» выступил важным политическим актором, оказав существенную организационно-финансовую поддержку правоцентристскому (по сути, пропрезидентскому) движению «Наш дом — Россия», возглавляемому Виктором Черномырдиным (остряки называли новую политическую силу «Наш дом — «Газпром»). Вопреки ожиданиям, на выборах в Госдуму в декабре 1995 года НДР выступил неубедительно, набрав всего 10% и по количеству депутатских мандатов уступив коммунистам втрое. После отставки Черномырдина с поста премьер-министра в марте 1998 года влияние и популярность НДР стали стремительно снижаться, и в 1999 году в состав Госдумы третьего созыва представители НДР вообще не попали, набрав на выборах всего 1% голосов.
В 1997 году разразился крупнейший экономико-правовой скандал, связанный с «Газпромом» — первый вице-премьер Борис Немцов опубликовал подписанный в 1994 году трастовый договор, по которому менеджмент «Газпрома» имел право голосовать 35-процентным госпакетом, а также купить по сверхнизкой цене 30% акций из этого пакета, и публично потребовал его расторгнуть. Вскоре на соответствующем документе появилась резолюция президента Ельцина: «Это грабеж России! Требую разобраться!», но глава «Газпрома» Рем Вяхирев, поддержанный Черномырдиным, упорствовал. Вопрос решился неожиданно и в неожиданном месте — это произошло в начале декабря 1997 года… во время государственного визита президента России в Швецию. Вспоминает Борис Немцов:
«Во время церемонии встречи российской делегации король Карл-Густав XVI вместе с королевой Сильвией, президентом Ельциным и Наиной Иосифовной здоровались с членами российской делегации. Подойдя ко мне, Ельцин тихо спросил: «Трастовый договор разорвали, или нет?». Я ответил: «Нет». Тогда мы на глазах у изумленной королевской четы развернулись и пошли в другую сторону — туда, где стоял Вяхирев. Далее Борис Николаевич, глядя в упор на Вяхирева, спросил, почему до сих пор договор не расторгнут. По возвращении в Москву трастовый договор был расторгнут».