Самая драматичная корпоративная история в российской нефтянке — это рассказ о ЮКОСе. 

ЮКОС был создан в 1993 году постановлением российского правительства. В уставный капитал компании были внесены контрольные пакеты добывающего «Юганскнефтегаза» и перерабатывающего «Куйбышевнефтеоргсинтез», или сокращенно КОС (отсюда аббревиатура ЮКОС), а также Новокуйбышевского НПЗ и 8 сбытовых предприятий Центральной России. Главой компании был назначен Сергей Муравленко, сын легендарного Виктора Муравленко, много лет возглавлявшего «Главтюменнефтегаз». 

ЮКОС активно занялся слияниями и поглощениями, и в течение пяти лет существенно расширился за счет «Самаранефтегаза», «Томскнефти», Ачинского НПЗ и Ангарской нефтехимической компании, став первой по запасам и переработке и второй по добыче нефтяной компанией России. «Жемчужиной» ЮКОСа было гигантское Приобское месторождение, находившееся в первой стадии эксплуатации и устойчиво дававшее в год более 40 млн тонн нефти.

В декабре 1995 года в результате залогового аукциона компания перешла под контроль банка «Менатеп», принадлежавшего предпринимателю Михаилу Ходорковскому. 45-процентный пакет акций ЮКОСа стоимостью более 3 млрд долларов был куплен за 159 млн долларов, то есть, в 20 раз дешевле. Спустя еще год «Менатеп» за 160 млн долларов купил на конкурсе оставшийся госпакет ЮКОСа. В итоге 33-летний Ходорковский стал не только руководителем, но и мажоритарным владельцем компании.

ЮКОС, помимо уверенного агрессивного роста, завоевал славу еще и самой инновационной нефтяной компании, чему способствовала работа корпоративного Инженерно-технического центра и дочерней IT-компании «Сибинтек». Активнее других занимался ЮКОС и политическим лоббированием (особенно, в вопросах снижения налоговой нагрузки), и стратегией развития отрасли. 

Так, в начале нулевых годов компания реанимировала существовавшую еще с давних советских времен идею «большой восточной трубы» и подготовила почву для подписания соответствующего российско-китайского межправительственного соглашения. Затем проект был доработан с учетом выхода трубы к тихоокеанскому побережью с перспективой поставки нефти в Японию, Корею и другие страны региона. Поэтому Михаила Ходорковского можно смело назвать одним из инициаторов и идеологов магистрального нефтепровода «Восточная Сибирь — Тихий океан» (ВСТО), пущенного в эксплуатацию в 2009 году. Об этом стратегическом проекте мы, конечно же, расскажем отдельно.

Но вернемся к истории ЮКОСа. В начале 2003 года было объявлено о слиянии ЮКОСа и «Сибнефти» в единую компанию ЮКСИ. Особый шарм этому событию придавала возможность продажи крупного пакета акций ЮКСИ крупнейшим частным нефтяным компаниям мира — американским ExxonMobil и Chevron.

Увы, мега-сделка не состоялась, в первую очередь, потому что в октябре 2003 года Михаил Ходорковский был арестован по обвинению в налоговых преступлениях. При этом истинной причиной ареста считается активное финансирование ЮКОСом так называемой системной (парламентской) оппозиции. 

«Дело Ходорковского» (или «дело ЮКОСа») стало самым громким судебным процессом нулевых годов. В 2005 году бывшего олигарха, ставшего «заключенным номер 1», осудили по целому букету экономических статей на 8 лет; в 2010 году за хищение всей ЮКОСовской нефти за целую пятилетку (350 млн тонн!) добавили еще 6 лет, а в 2013 году выпустили по гуманитарным соображениям — у него сильно болела и мать (вскоре она умерла). Прямиком из колонии Ходорковский отправился в Германию; в настоящее время он живет за границей и является одним из наиболее известных оппонентов российской власти.

В середине нулевых годов, когда топ-менеджмент ЮКОСа в полном составе оказался в тюрьме и эмиграции, компания была обанкрочена и продана с молотка. Крупнейшей и наиболее скандальной сделкой такого рода стал проведенный в 2004 году аукцион по продаже основного добычного актива ЮКОСа — «Юганскнефтегаза». Это огромное предприятие, дававшее почти две трети добычи ЮКОСа, купила фирма-однодневка «Байкалфинансгруп» с уставным капиталом 10 тыс. рублей, зарегистрированная за две недели до аукциона в Твери, в доме, где находилась рюмочная «Лондон». Генеральным директором фирмы была жительница деревни Дмитровская Тверской области. «Байкалфинансгруп» выиграла аукцион, предложив 261 млрд рублей (9,3 млрд долларов) притом что стоимость «Юганскнефтегаза» на тот момент по минимальной оценке составляла 18 млрд долларов. Через три дня «Байкалфинансгруп» была куплена «Роснефтью». Тем самым эта сравнительно небольшая госкомпания сразу же стала одним из крупнейших российских мейджоров. 

В ноябре 2007 года арбитражный суд Москвы завершил в ЮКОСе конкурсное производство, и компания была ликвидирована. ЮКОС умер, но дело его живет — в феврале 2020 года Апелляционный суд Гааги, основываясь на ранее принятом арбитражном решении, обязал Россию выплатить 50 млрд долларов бывшим акционерам ЮКОСа в качестве компенсации за ущемление их имущественных прав. Россия это решение не признает, но, увы, обжаловать его нельзя — просто негде ввиду отсутствия вышестоящей судебной инстанции. Более того, на сумму, подлежащую взысканию, начисляются проценты — 2 млн 600 тысяч долларов в сутки, или почти 1 млрд долларов в год.